We offer a lecture with hands-on computer practicals:
(German below)
- Proteins: structure, function, and intramolecular interactions
- Molecular dynamics simulations, underlying approximations, efficient algorithms, integration of Newton's equations of motion
- Proteins: electrostatics, solvation effects, protonation equilibria
- Protein structure determination by crystallography, NMR, and cryo electron microscopy
- Monte-Carlo simulations
- Collective dynamics: principal component and normal mode analysis
- Fundamentals of bioinformatics: sequence alignment, structure prediction
- free energy calculations: free energy perturbation, thermodynamic integration, umbrella sampling
- Non-equilibrium thermodynamics: Jarzynski Equation and Crooks Theorem
- Struktur, Funktion und intramolekulare Wechselwirkungen von Proteinen
- Molekulardynamiksimulationen, ihre zugrundeliegenden Näherungen und effiziente
- Algorithmen, Integration der Bewegungsgleichungen
- Elektrostatik in Proteinen, Lösungsmitteleffekte, Protonierungsgleichgewicht
- Proteinstrukturbestimmung (Röntgenkristallographie und Kernspinresonanz)
- Monte-Carlo-Simulationen
- Kollektive Dynamik: Hauptkomponentenanalyse und Normalmodenverfahren
- Grundlagen der Bioinformatik: Sequenzalignment, Strukturvorhersage
- Freie-Energie-Rechnungen: Free energy perturbation, therodynamic integration, Umbrella
- sampling
- Nichtgleichgewichts-Thermodynamik: Jarzynski-Gleichung und Crooks-Theorem
- DozentIn: Jochen Sebastian Hub
- DozentIn: Gari Kasparyan
- DozentIn: Alejandro Martinez Leon
- DozentIn: Chetan Sundar Poojari